长期吸用毒品，可造成性功能减退，甚至完全丧失性功能。男性会出现性低能或性无能；女性会出现月经失调，造成不孕、闭经，孕妇会出现早产、流产、死胎及血液中毒品通过胎盘进入胎儿体内，导致胎儿海洛因依赖。
国外在研究阿片类对成人淋巴细胞遗传的影响时发现，海洛因成瘾者中，染色体损害机率比正常人高5倍，在戒毒一年内，DNA的修复缺陷持续存在。吸毒造成女性经期紊乱、闭经和性功能障碍等。
年轻女性由于其生理特征，吸毒受到的伤害将更大，因为女性身体较易积聚脂肪，吸收水份的能力较男性低，毒品容易长期积于体内，造成的后遗症较多。在年轻女性突出的表现为经期紊乱、闭经和性功能障碍，主要原因是：年青女性的卵巢功能易受各种因素影响，吸毒造成情绪不稳定、生活无规律等，导致中枢神经及丘脑下部功能失调，下丘脑—垂体—卵巢轴运转失灵，使月经紊乱，甚至闭经。这些症状即使停止吸毒后数月也不能恢复。毒品对神经内分泌，尤其是性腺系统损害，如一些兴奋剂的滥用者，即使停药后，也会出现性功能障碍，表现为不明原因的乳房增大、乳溢和闭经。吸毒使男性性功能受到影响。造成男性性欲低下、射精延迟等明显性功能障碍。男性的雄性激素是睾丸酮，它的合成与分泌受大脑、下丘脑的调节，接受血睾丸酮水平反馈的信息，通过促性腺激素释放素刺激垂体合成及释放黄体生成激素。如果吸毒，毒品通过下丘脑影响垂体激素的分泌与合成，造成内分泌功能紊乱，一些毒品可抑制黄体生成素的分泌，使得血中睾丸酮浓度明显下降，男性血液中睾丸酮的显著缺乏者常伴有性欲减退和阳痿。有报道说：男性海洛因依赖者中，表现精液不足者占被研究者17％；精子活力不足者为100％；精子畸形及过少者占24％。